ถึงแม้ในเวลานี้ยังไม่มีวิธีรักษาออทิสซึมให้หายได้โดยปริดทิ้ง เป็น ที่ยอมรับกันว่า เด็กที่ได้รับบำบัดอย่างเคร่งครัด ต่อเนือง และสม่ำเสมอ โดยเฉพาะการได้รับการรํกษาบำบัดตั้งแต่เด็กเล็ก แสดงการพัฒนาการมากกว่าเด็กที่ได้รับการรักษาบำบัดเมื่อโตแล้ว นอกจากนั้นในกลุ่มเด็กไม่น้อยอาการออทิสซึมจะน้อยลงเมื่อเด็กโตขึ้น บุคคลออทิสซึมบางคนเมื่อโตก็สามารถทำงานและใช้ชีวิตอย่างมีอิสสระได้อย่างไรก็ตามในเด็กบางคน ออทิสซึมจะแสดงอาการมากขึ้น เป็นพิเศษเมื่อเด็กย่างเข้าวัยรุ่น และในบางคน ก็คงยังต้องการ ความช่วยเหลือต่อไปเมื่อโต ทั้งนี้ทั้งนั้นผู้ปกครองและผู้เชี่ยวชาญ ควรร่วมมือกันเพื่อช่วยสอนเด็กเพื่อพวกเขาจะสามารถใช้ชีวิตอยู่ได้อย่างใกล้เคียงบุคคลทั่วไปมากที่สุด
ทฤษฎีแนวทางการบำบัดออทิสซึมนั้นมีอยู่หลายทางเลือก โดยมีอยู่ ๓ แนววิธีหลักๆก็คือ

1. พฤติกรรมบำบัด หรือ Behavioral Approach ซึ่งมีหลายแบบวิธีด้วยกัน เช่น Applied Behavior Analysis(ABA), Discrete Trial Training(DTT), Pivotal Response Training(PRT), Picture Exchange Communication System(PECS) , Treatment and Education of Autistic and related Communication-handicapped CHildren(TEACCH), ฯลฯ แผนบำบัดจะมีหลักสูตรที่เจาะจงซึ่งประยุคมาจากทฤษฎีพฤติกรรมและการให้รางวัล เด็กจะเรียนรู้จากการสอนที่มีระบบ สม่ำเสมอและเคร่งครัด ข้อดีของพฤติกรรมบำบัดก็คือ เด็กจะเรียนรู้เร็ว สามารถนั่งเรียนได้ ตอบสนองคำสั่งได้ และ การฝึกสอนครูประจำตัวเป็นไปได้ง่าย ข้อเสียคือสิ่งที่เด็กเรีนนรู้อาจไม่สามารถนำมาใช้ในชีวิตจริงได้ เด็กหลายรายจะแสดงตอบสนองคำสั่งในลักษณะเหมือนท่องจำ การเข้าสังคมยังเป็นปัญหาสำหรับเด็กส่วนใหญ่ และ เด็กหลายรายจะแสดงพฤติกรรมก้าวร้าว

2. พัฒนาการบำบัด หรือ Developmental Approach เช่น Developmental, Individual-Difference, Relationship-Based(DIR)/Floortime, Relationship Development Intervention(RDI), the Hanen Program, the Son-Rise Program, ฯลฯ แผนบำบัดจะมีหลักสูตรที่เปิดตามความต้องการของเด็กแตละคน โดยเด็กจะถูกสอนระหว่างการเล่นกับครูประจำตัว บทเรียนจะถูกรวมไว้ในกิจกรรมสัมพันธ์ต่างๆที่เด็กทำกับผู้อื่น ข้อดีของพฤติกรรมบำบัดก็คือเด็กจะสนุกกับการเรียนและเริ่มแสดงความสนใจที่จะเรียนรู้ด้วยตนเอง พฤติกรรม การเข้าสังคมจะพัฒนามากขึ้น ข้อเสียคือวิธีการสอนไม่เหมือนวิธีการสอนในห้องเรียนทั่วไป และการฝึกสอนครูประจำตัวเด็กใช้เวลานานเนื่องจากวิธีสอนอาจต่างกันไปในเด็ก แต่ละคน

3. ชีวเวชบำบัด หรือ Biomedical Approach เช่น Medication (การรักษาด้วยยา) ตัวยา atypical antipsychotic บางชนิดเช่น Risperdal ถูกนำมาใช้เพื่อลดพฤติกรรมรุนแรงของเด็กออทิสซึม ตัวยาชนิดอื่นถูกใช้เพื่อช่วยอาการโรคลมชัก โรคสมาธิสั้น หรือโรคอื่นๆ

สำหรับ เด็กออทิสซึมทุกคน การบำบัดรักษาควรเป็นแบบแเคร่งครัด และตัวต่อตัว โดยรวมแล้วมีเวลาบำบัดอย่างน้อย ๑๕ ชั่วโมงต่ออาทิตย์ในเด็กเล็ก และ ๒๕ ชั่วโมงต่ออาทิตย์ในเด็กประถมเป็นต้นไป นอกจากนี้กิจกรรมบำบัด(occupational therapy) และ อรรถบำบัด(การฝึกพูดและสื่อสาร/speech therapy) ควรถูกรวมไว้ในแผนบำบัดด้วย

มีวิธีบำบัดแบบอื่นๆที่แพร่หลาย(Alternative Treatments) แต่ไม่ได้รับรองจากสมาคมแพทย์ว่าปลอดภัยและแพทย์ทั่วไปไม่แนะนำ ตัวอย่างคือการสั่งงดอาหารบางประเภทเช่นพวกที่มี สารGluten หรือโปรตีนจากข้าวสาลี และ สารCasein ที่อยู่ในอาหารจำพวกนมเนย, การทำ Chelation Therapy หรือการถ่ายสารบางชนิดที่เชื่อว่าเป็นพิษออกจากร่างกาย, การฝังเข็ม ฯลฯ วิธีเหล่านี้อาจช่วยเด็กบางคนแต่ไม่ช่วยเด็กบางคน ก่อนเลือกลองใช้วิธีรักษาจำพวกนี้ ท่านผู้ปกครองควรศึกษาข้อมูลอย่างละเอียดจนแน่นอนใจว่าวิธีนั้นจะไม่มีผลร้ายต่อเด็กได้